Congés payés et arrêt maladie : indemnité réclamable depuis 2009

Un salarié dont le contrat a été rompu peut-il réclamer une indemnité au titre des congés payés acquis pendant ses arrêts maladie, en remontant au-delà des trois années précédant la rupture ? Par un arrêt du 16 septembre 2026 publié au Bulletin, la chambre sociale de la Cour de cassation répond par l'affirmative, en combinant la prescription triennale et la loi du 22 avril 2024.

Les faits et la procédure

Une salariée est engagée le 5 juillet 2010 en qualité de chargée d'études par un groupement d'intérêt public. Elle est licenciée le 18 juin 2021. Le 17 juin 2024, son tuteur saisit la juridiction prud'homale d'une demande d'indemnité compensatrice de congés payés, la question des congés acquis pendant un arrêt de travail pour maladie non professionnelle étant au cœur du débat. En cours d'instance, l'union départementale des associations familiales (UDAF) est désignée comme tutrice.

Par un jugement rendu en dernier ressort le 17 mars 2025, le conseil de prud'hommes de Nevers rejette la demande pour la période antérieure au 31 mai 2018. Il retient que la prescription triennale court à compter de la rupture et que la salariée ne peut se prévaloir de la loi d'avril 2024. Le jugement étant rendu en dernier ressort, l'UDAF forme directement un pourvoi en cassation.

La question posée à la Cour

Le contexte est connu. Pour se conformer au droit de l'Union européenne, la Cour de cassation a jugé en septembre 2023 que les arrêts de travail pour maladie non professionnelle ne pouvaient priver le salarié de l'acquisition de congés payés. La loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 en a tiré les conséquences :

• l'article L. 3141-5, 7°, du code du travail assimile désormais ces périodes d'arrêt à du travail effectif pour l'acquisition des congés ;
• l'article L. 3141-5-1 fixe pour ces périodes une acquisition de deux jours ouvrables par mois, dans la limite de vingt-quatre jours par période de référence ;
• l'article 37, II, de la loi rend ces règles applicables pour la période courant à compter du 1er décembre 2009, sous réserve des décisions de justice passées en force de chose jugée.

Parallèlement, l'article L. 3245-1 soumet l'action en paiement du salaire, dont relève l'indemnité compensatrice de congés payés, à une prescription de trois ans.

La question était donc de savoir comment s'articulent ces textes lorsque le contrat a été rompu : la prescription interdit-elle de remonter au-delà des trois années précédant la rupture, ou le salarié peut-il réclamer l'indemnité correspondant à l'ensemble des congés acquis depuis 2009 ?

La solution retenue

La Cour casse le jugement au visa des articles L. 3245-1, L. 3141-28, L. 3141-5, 7°, et L. 3141-5-1 du code du travail et de l'article 37, II, de la loi du 22 avril 2024.

Elle juge d'abord que l'action en paiement de l'indemnité compensatrice de congés payés non pris à la rupture « se prescrit par trois ans à compter de la rupture du contrat de travail ». C'est la rupture, et non chaque période d'acquisition, qui fait courir le délai.

Elle en déduit que le salarié qui a acquis des congés pendant un arrêt de travail pour maladie ou accident non professionnel, ou qui n'a pu les prendre pour ce motif, a droit à une indemnité compensatrice au titre des congés acquis depuis le 1er décembre 2009, y compris les congés reportés dans les conditions des articles L. 3141-19-1 et L. 3141-19-2 du code du travail, sous réserve de l'expiration de la période de report.

En limitant la demande aux congés afférents aux trois années précédant la rupture, le conseil de prud'hommes a violé ces textes. Le jugement est cassé sur ce seul point et l'affaire est renvoyée devant le conseil de prud'hommes de Bourges.

Portée et conseils pratiques

L'arrêt apporte une précision utile pour les contrats déjà rompus : dès lors que l'action est engagée dans les trois ans suivant la rupture, la demande peut porter sur les congés acquis depuis le 1er décembre 2009, et non sur les seules trois dernières années.

Plusieurs points appellent toutefois la vigilance :

• le délai de trois ans est impératif : dans cette affaire, la juridiction a été saisie à la veille de son expiration. Une saisine tardive ferait obstacle à toute demande ;
• le calcul reste encadré : l'acquisition pendant les arrêts pour maladie non professionnelle est limitée à deux jours ouvrables par mois et vingt-quatre jours par période de référence, et la Cour réserve expressément l'expiration de la période de report, ce qui suppose un examen au cas par cas ;
• les décisions passées en force de chose jugée ne peuvent être remises en cause ;
• les contrats en cours obéissent à des règles propres : la loi de 2024 a prévu un délai spécifique pour agir pendant l'exécution du contrat, question que l'arrêt n'avait pas à trancher.

Pour les employeurs, l'arrêt invite à mesurer le risque attaché aux ruptures intervenues au cours des trois dernières années, notamment pour les salariés ayant connu de longs arrêts de travail. Pour les salariés, il confirme l'intérêt de reconstituer précisément l'historique des arrêts et des congés depuis 2009.

On relèvera enfin que, s'agissant d'un jugement prud'homal rendu en dernier ressort, la seule voie de recours ouverte était le pourvoi en cassation, dont le délai est bref : voir notre article sur le délai de pourvoi en cassation et notre page Cour de cassation.

Si vous vous interrogez sur une demande d'indemnité de congés payés ou sur un recours contre une décision prud'homale, vous pouvez contacter le cabinet.

Référence : Cass. soc., 16 septembre 2026, n° 25-14.826, publié au Bulletin. Article à jour au 26 octobre 2026 ; il ne remplace pas une consultation.